Analyse intégrée des processus d’adaptation, assistée par modèles
WP leader: François Tardieu (UMR LEPSE)
Partenaires impliqués: INRA UMR GQE, UMR LEPSE, UMR SADV, UMR MIA-J, Arvalis, Biogemma
Objectifs
Le WP7 vise à analyser conjointement les résultats du WP5 et du WP6 de manière obtenir :
- Une vision intégrée des associations entre marqueurs génétiques, caractères des plantes, conditions environnementales et rendement, au travers de différents scénarios climatiques, échelles (organe, plante entière, couvert végétal) et types de données (plateformes de phénotypage, champs équipés et réseaux de parcelles d’expérimentation),
- Une analyse globale des mécanismes (éco)physiologiques sous-jacents à l’adaptation et aux performances des génotypes analysés.
Le WP7:
- Analyse de manière globale les données obtenues dans le projet, en utilisant des approches de statistique intégrative et de modélisation pour (i) inférer des « variables cachées » fortement héritables, reproductibles et caractéristiques des génotypes (par exemple, sensibilité de la vitesse de croissance à une condition environnementale, efficience de conversion du rayonnement en biomasse ou rythme d’émission des feuilles), (ii) Analyser ainsi les déterminants génétiques et physiologiques des interactions genotype x environnement, (iii) Identifier des associations robustes entre phénotype, génotype et environnement en utilisant ces variables.
- Interprète a posteriori le gain génétique sur une série historique de génotypes, en termes de caractères et d’allèles, et identifie des caractères cibles appropriés pour poursuivre la sélection .
- Teste expérimentalement ces approches intégratives à l’aide de matériels génétiques dédiés (cumul d’allèles favorables et/ou de combinaisons hybrides identifiées par modélisation).
Livrables
D7.1 Estimer le progrès génétique, en particulier pour la tolérance au stess hydrique et froid par comparaison de modèles et de statistiques (M96)
D7.2: Modules de dédiés à la réponses des croissances végétatives et reproductives au stress hydrique et froid, utilisables dans des modèles de culture comme APSIM ou RECORD (M44)
D7.3: Jeu de données des expérimentations annotées, relié aux analyses agronomiques de ce jeu de données. (M96)
D7.4: Simulation de l’effet des allèles sur le rendement et les combinaisons linéaires de valeurs alléliques prédisant le caractère/rendement (M96)
D7.5: Tests expérimentaux des effets des allèles (M96)